UO realizuje projekt Regionalne Centrum Medycyny Cyfrowej

Projekt jest realizowany w ramach programu:

Tworzenie i rozwój Regionalnych Centrów Medycyny Cyfrowej, skrót naboru: RCMC

Jednostka finansująca: Agencja Badań Medycznych

Numer naboru ABM/2023/2

Numer umowy: 2023/ABM/02/00004-00

Projekt pod nazwą:

Uniwersyteckie Centrum Medycyny Cyfrowej i Medycyny Precyzyjnej o specjalizacji w Kompleksowym Fenotypowaniu Chorób Cywilizacyjnych

Rozpoczęcie realizacji projektu: 2023-08-01

Zakończenie realizacji projektu: 2027-07-31

Kierownik projektu :

dr hab. n. med. Jacek Jóźwiak, prof. UO

Konsorcjanci w projekcie:

1. Uniwersytecki Szpital Kliniczny w Opolu – lider
2. Instytut Genetyki Człowieka PAN – konsorcjant
3. Sieć Badawcza Łukasiewicz – PORT Polski Ośrodek Rozwoju Technologii – konsorcjant
4. Instytut Chemii Bioorganicznej PAN Poznańskie Centrum Superkomputerowo-Sieciowe – konsorcjant
5. Uniwersytet Opolski – konsorcjant

Wartość projektu: 30 000 000,00 zł

Wartość dofinansowania: 30 000 000,00 zł

Krótki opis projektu:

Projekt polega na utworzeniu Regionalnego Centrum Medycyny Cyfrowej oraz przeprowadzaniu badań naukowych w oparciu o dane i procesy funkcjonujące w tworzonym Regionalnym Centrum Medycyny Cyfrowej.

Długoterminowo Regionalne Centrum Medycyny Cyfrowej będzie służyć jako platforma naukowo-badawcza zwiększająca liczbę i potencjał badań klinicznych, biomedycznych badań translacyjnych i podstawowych.

Badania naukowe przeprowadzone w czasie projektu będą dotyczyć obszarów medycyny spersonalizowanej, będą oparte na nowatorskich rozwiązaniach, w ścisłej współpracy z konsorcjantami, jednocześnie zademonstrują potencjał Regionalnego Centrum Medycyny Cyfrowej.

Projekt jest realizowany przez konsorcjum pięciu podmiotów, z których każdy posiada unikatową wiedzę i kompetencje z zakresu medycyny, nauki i technologii. Wspólne ukierunkowane działania i cele konsorcjum pozwalają na realizacje skomplikowanych przedsięwzięć naukowo-badawczych.

Celem projektu jest przygotowanie zaplecza infrastrukturalnego, systemowego oraz kadrowego pozwalającego na prowadzenie innowacyjnych i unikatowych badań naukowych, a także na stworzenie korzystnych warunków do rozwoju innowacyjnych technologii lekowych, informatycznych i innych mających zastosowanie w ochronie zdrowia.

Przygotowana infrastruktura pozwoli na projektowanie badań klinicznych lub ich elementów z wykorzystaniem zgromadzonych zbiorów danych.

Zebrane dane będą stanowiły podstawę do przygotowania cyfrowych narzędzi o charakterze prognostycznym, predykcyjnym, diagnostycznym i terapeutycznym.

Narzędzia będą oparte o inteligentny system zapytań do baz danych oraz samouczące się algorytmy sztucznej inteligencji. System będzie przechowywał dane kliniczne i omiczne pozyskane z Uniwersyteckiego Szpitala Klinicznego w Opolu. Dane kliniczne pozyskiwane będą m. in. z systemu szpitalnego z wykorzystaniem zbiorów danych dotyczących diagnostyki obrazowej, diagnostyki laboratoryjnej, diagnostyki histopatologicznej, urządzeń monitorujących oraz innych danych przechowywanych w systemie szpitalnym. Dane omiczne wraz z materiałem histopatologicznym będą przechowywane w biobanku.

Biobank Sieć Badawcza Łukasiewicz – PORT Polski Ośrodek Rozwoju Technologii ze względu na ekspertyzę lidera i podjęty rozwój w kierunku patologii doświadczalnej i cyfrowej, będzie wzbogacać biobankowany materiał o dodatkowe dane fenotypowe i cyfrowe. Biobank prowadzony jest przez Sieć Badawcza Łukasiewicz – PORT Polski Ośrodek Rozwoju Technologii zgodnie z obowiązującym systemem jakości Standardy Jakości dla Biobanków PL 2.0. Sekwencjonowaniem i badaniem zebranych danych omicznych oraz ich czasowym przechowaniem będzie zajmował się Instytut Genetyki Człowieka PAN.

W ramach projektu zostaną przygotowane procesy i platforma cyfrowa wspomagająca realizację programów badawczych w zakresie analizy wyników badań genetycznych i fenotypowania na poziomie tkankowym. Baza danych będzie miała zintegrowany charakter, który pozwoli na jednoczesne korzystanie z danych pochodzących z wielu źródeł. Gromadzone dane cyfrowe, w tym informacje i wyniki badań dotyczących danych omicznych, będą zanonimizowane, a podczas realizacji projektu i w okresie jego trwałości dostępne dla wszystkich uczestników konsorcjum dzięki zapewnieniu odpowiednich warunków do transferu danych.

Rzeczowym efektem projektu będzie infrastruktura wraz z oprogramowaniem, która będzie obejmować serwery, przestrzeń dyskową dostosowaną do wielkości Regionalnego Centrum Medycyny Cyfrowej. Uniwersytecki Szpital Kliniczny w Opolu posiada zaplecze lokalowe dla sprzętu informatycznego oraz kadrę zarządzającą i obsługującą Regionalne Centrum Medycyny Cyfrowej. Zaplanowano zakup infrastruktury pozwalającej na przesyłanie i integracje danych.

Za procesy związane z przesyłem danych odpowiada Uniwersytet Opolski. Oprogramowanie zostanie przygotowane przez Uniwersytecki Szpital Kliniczny w Opolu oraz Instytut Chemii Bioorganicznej PAN Poznańskie Centrum Superkomputerowo-Sieciowe. Uniwersytecki Szpital Kliniczny  w Opolu odpowiadać będzie za opracowanie systemu teleinformatycznego związanego z budową i obsługą hurtowni danych w zakresie umożliwiającym realizacje zadań specyficznych dla projektu, w tym projektowanie i rozwój badań. Instytut Chemii Bioorganicznej PAN Poznańskie Centrum Superkomputerowo-Sieciowe odpowiadać będzie za przygotowanie algorytmów sztucznej inteligencji, moduły realizujące uczenie maszynowe oraz moduł asystenta lekarza.

Działalność badawcza, związana z wykorzystaniem potencjału Regionalnego Centrum Medycyny Cyfrowej już w okresie realizacji projektu oraz po jego zakończeniu będzie koncertowała się przede wszystkim na obszarach badawczych:

dla danych pochodzących z biobankowanych próbek:

• Kompleksowa analiza zmienności genetycznej i zmienności mikrobioty u chorych z otyłością olbrzymią za pomocą sekwencjonowania genomowego;
• Kompleksowa analiza fenotypowa komórek w tkankach pozyskanych od chorych z otyłością olbrzymią wraz z analizą mikrobiomu (bakterii) w tkance in-situ;
• Sekwencjonowanie całego genomu (WGS) u pacjentów z klinicznie rozpoznaną kardiomiopatią przerostową (HCM), u których w badaniach panelowych nie stwierdzono mutacji w genach kodujących białka sarkomeru.

dla danych zbieranych prospektywnie oraz danych opartych o algorytmy AI:

• Choroby wewnętrzne, kardiologia, nefrologia, alergologia – badanie czynników ryzyka chorób sercowo-naczyniowych, niewydolności nerek, chorób metabolicznych i alergicznych, wpływu stylu życia na te choroby,
• Pediatria – badanie czynników wpływających na rozwój chorób u dzieci, wzorców wzrostu i rozwoju na podstawie zbieranych danych.